Hoy sabemos que hacia 1503 Leonardo comenzó el retrato de una dama florentina: Lisa Gherardini, esposa del mercader Francesco del Giocondo, que pudo encargar el cuadro con motivo del traslado de la familia a su nueva vivienda, o bien tras el alumbramiento de su segundo hijo, en 1502.
En 2005 se dieron a conocer unas notas del florentino Agostino Vespucci en el margen de una obra de Cicerón conservada en la biblioteca de la Universidad de Heidelberg, fechadas en octubre de 1503. Además de criticar a Leonardo por dejar las obras sin terminar, Vespucci indicaba que el pintor se encontraba en esa fecha realizando un retrato «del busto de Lisa del Giocondo», con lo que parece zanjarse el tema de la identidad de la mujer representada en el óleo del Louvre, fruto de debate durante siglos.
A pesar de ello, son muchos los que han querido –y siguen queriendo– ver en la tabla mil y una identidades, sin descartar incluso un autorretrato del propio artista travestido.